Trondheimsfjorden ble utpekt som en av de viktigste havneområdene for det tyske krigsmaskineriet. Forsvarsplanen for tyske interesser i Norge, Festung Norwegen, ble en storstilt utbygging av forsvarspunkt og artilleri langs kystlinjen. Nyhavna ble sentral og langs Bunkerkaia finner vi ubåtenes hjem.

Dora 1

I 1941 startet byggingen av Dora 1 ubåtbunker. Trondheim skulle være rustet til å ta imot store deler av den tyske marine i løpet av høsten samme år. To slagskip, et panserskip, en tung krysser, seks jagere, fem ubåter og enheter med minesveipere, ubåtjeger og vaktfartøyer. Byen skulle bli det største tyske marinestøttepunktet utenfor Tyskland. Trondheimsfjorden, med dens omliggende fjell og mange sidefjorder, møtte kriteriene for krigsmarinens behov for beskyttelse, skjul og oppankringsplasser.

Byggingen av anlegget på Nyhavna ble utført av Organisation Todt med undergruppe einsatsgruppe Wiking. Organisation Todt var en militær entreprenørorganisasjon som blant annet stod for byggingen av autobahn i Tyskland og E6-strekningen over Saltfjellet i Norge. I april 1943 ble Dora 1 overlevert den tyske krigsmarine fullt operativ. Den har et grunnplan på over 15 000 kvm. Bunkeren består av 207.369 kubikkmeter betong og 22 000 tonn armeringsjern.

Ved freden i 1945 ble Dora 1 overtatt av Det norske ubåtvåpenet. Nyhavna fremstod da som et topp moderne anlegg med alle fasiliteter tilgjengelig. De ekstremt ustabile grunnforholdene skulle derimot sørge for at Nyhavnas karriere som moderne flåtebase ble kort. Allerede i 1949 ble nedleggelse bestemt, og virksomheten flyttet til Bergen.

Dora 2

Havnevesenet øynet en brukbar havneplass for sin store flåte og ønsket å ta i bruk Dora 2 som nytt verksted og verft. Planen var å rive all konstruksjon over grunnplanet. Det var også et ønske hos de allierte at ubåtbunkeren ikke lenger skulle kunne brukes som utgangspunkt for fiendtlig angrep. Dora 2 ble påstartet 1942 men ble ikke fullført før freden mai 1945.

Rivingsarbeidet på Dora 2 ble igangsatt umiddelbart etter krigen og foregikk frem til 1948. Deler av stålkonstruksjonene, skillevegger og deler av yttervegger ble revet eller sprengt bort. Det ble derimot fort en bekymring at mengde dynamitt som trengtes for å gjennomføre rivingen ville legge nærliggende Svartlamoen boligområde i ruiner. Det var også en frykt for at grunnen skulle gi etter og hele anlegget skulle skli ut i Trondheimsfjorden. Rivningsarbeidet lå også an til å bli et særdeles kostbart prosjekt i en tid hvor fokuset var på omfattende gjenoppbygging. Arbeidet ble derfor avsluttet og ikke gjenopptatt før 1991. Også denne gang ble det raskt avsluttet da det ikke var klart om taket hadde god nok bæreevne når stålfagene ble forsøkt fjernet. 

Fyringsbunkeren

Fyringsbunkeren var en del av byggetrinn 2 av ubåtanlegget på Nyhavna. Bygningen var utstyrt med et dampdrevet aggregat som skulle sørge for varme- og strømforsyning til ubåtbunkerne Dora 1 og Dora 2. Bygningen ble ikke ferdigstilt før freden og dermed aldri tatt i bruk til sitt formål.

Bunkeren ble ombygget i 1948-1949 for å kunne huse E. Hørgaards moderne fabrikk. Bygningen har siden freden vært i kontinuerlig bruk og huset en rekke forskjellige bedrifter. Hovedsakelig har bygget blitt brukt til fabrikkvirksomhet.

Bunkeren eies i dag av Trondheim Havn og er utvidet med både påbygg og tilbygg. Lokalene leies ut til diverse kulturvirksomhet, verksteder, samt idrett- og aktivitetsforeninger.

Okkupasjonen av Norge

Natt til 9. april 1940 ble angrepet på Norge, Operasjon Weserübung-Nord igangsatt. Tysk hær, luftvåpen og marine overrumplet det norske forsvaret og militær motstand tok i stor grad slutt kort tid etter. Kryssere og slagere lastet med tyske tropper ble sendt nordover inn Oslofjorden og videre langs norskekysten mot blant annet Trondheim og Narvik.  I Trondheim ble kapitulasjonsavtalen undertegnet på Britannia Hotell 10. juni 1940. I årene som fulgte skulle infrastruktur og industri utvikles i stor skala med formål om å sikre det tyske krigsmaskineriet, som etter hvert ble godt etablert i flere norske byer. Forsvarsplanen for tyske interesser i Norge, Festung Norwegen, ble en storstilt utbygging av forsvarspunkt og artilleri langs kystlinjen.

Havn for den tyske krigsmarinen

Av den tyske ubåtflåten var det 785 fartøy som gikk tapt under krigen. Av disse ble kun 7,8 % ødelagt på grunn av bombetokt mot havnene, og nærmest ingen fartøy ble skadet under opphold inne i bunkere. Derimot hadde bombingen dramatiske følger for tyske overflateskip. Ut fra dette ble det besluttet at alle de større tyske marinefartøyene skulle forlate Atlanterhavskysten for så å ankre opp i Norge og Østersjøen. Trondheimsfjorden ble utpekt som en av de viktigste havnområdene og skip som Admiral Hipper, Prinz Eugen og Admiral Sheer ankret opp i lengre perioder. Tirpitz, et av den tyske krigsmarinens største slagskip, lå en lengre periode ankret opp under god beskyttelse i Fættenfjord mellom Åsen og Skatval.